ב-30 לאוגוסט 1920 חתם ראש ממשלת רומניה אלכסנדרו וואידה וואווד (Alexandru Vaida-Voevod) על ההסכם שבאמצעותו נערכה האמנציפציה המלאה של היהודים מרומניה. בשנת 1924, כאשר השתתף בטקס חשיפת אנדרטת האיחוד בצ'רנאוצי, ד"ר מאייר אבנר נאם ואמר את הדברים הבאים ואני מצטט:
"ציוויים היסטוריים, גיאוגרפיים וכלכליים דרשו את האיחוד עם רומניה. זאת האמת לאמיתה ולא רק ביטוי פשוט, בוקובינה אוחדה עם המולדת האמיתית. אנו, היהודים, רואים את האיחוד הזה כנצחי."
סוף ציטוט.
בבחירות לקונגרס הציוני העולמי שנערך בקרלסבד בשנת 1921 נבחרו כנציגי בוקובינה מאייר אבנר, הרב יעקב הופמן, ומנפרד רייפר. בקונגרס עצמו קיבל מאייר אבנר מעמד של חבר קבוע בוועד הפועל הציוני עד סוף ימיו.
בשנים 1923- 1924 גברה האנטישמיות ברומניה הגדולה עקב תהליך הרומניזציה בשטחים המסופחים בוקובינה, בסרביה וטרנסילבניה ונוצר איום על שוויון הזכויות למיעוט היהודי. "מפלגת האחדות היהודית" קמה בראשות מאייר אבנר במטרה להגשים מדיניות ולשם כך התאחדו ציוני בוקובינה עם קבוצת ברנרד פלמינגר כדי לאחד את יהודי כל חבלי רומניה לנושאי מדיניות פנים והגנה על זכויות הפרט.
מאייר אבנר נבחר לפרלמנט הרומני לראשונה בשנת 1926 בעקבות הסכם בחירות עם מפלגת העם הרומנית, אך במקביל הוא לא זנח את משימותיו האחרות והמשיך לכהן גם כראש ההסתדרות הציונית, לעמוד בראש נציגותה בקונגרס הציוני העולמי, לערוך ולכתוב עבור ה"אוסטיידישה צייטונג" העיתון שייסד, ולכהן גם כראש ההנהלה הממונה על הקהילה בצ'רנאוצי.
"המפלגה הלאומית היהודית" קמה בשנת 1931 כאשר הסיעה היהודית בפרלמנט בראשות מאייר אבנר, היוותה למעשה את הגרעין להקמתה. המפלגה שללה התפיסה של השתלבות היהודים במפלגות הרומניות. מפלגה זאת עמדה במרכז של 4 מערכות בחירות אליהן התייצבה עד שנת 1937. הניסיונות להקים מסגרת ארגונית שתכלול את יהודי כל חבלי "רומניה הגדולה" הצליחו בפועל רק בשנת 1935 כאשר הוקמה בבוקרשט מועצה ציונית עליונה שכללה את בוקובינה, בסרביה, טרנסילבניה ורומניה הישנה.
בסוף 1936 התכנסה בצ'רנאוצי הוועידה המחוזית האחרונה של ציוני בוקובינה ואורח הכבוד בה היה נחום גולדמן אשר הפך מאז קונגרס לוצרן בשנת 1935 לדמות המרכזית בציונות העולמית.
בסוף שנת 1937 נסגרו בהוראת ממשלת גוגה-קוזה האנטישמית כל העיתונים היהודיים ובעקבות ההפיכה של המלך קרול השני בשנת 1938 הושם קץ למשטר הדמוקרטי ברומניה, נאסרה פעילות מפלגתית פוליטית ששמה קץ לפעילות המפלגה הלאומית היהודית.
אחרי הקונגרס הציוני ה-21 בז'נבה משנת 1939 מאייר אבנר חזר לצ'רנאוצי לזמן קצר ובראשית 1940 נסע לארץ ישראל לבקר את בנו והחליט ולהשתקע בה. מאייר אבנר היה שותף לדרכו המדינית של נשיא ההסתדרות הציונית העולמית חיים ויצמן והשתתף החל מקונגרס בזל בכמעט כל הקונגרסים הציונים, כולל הקונגרס שהתקיים בירושלים בשנת 1951. עם עלייתו לארץ המשיך להיות חבר בוועד הפועל הציוני וזכה להיות בטקס הכרזת העצמאות של מדינת ישראל, נכח גם בטקס העלאת עצמות של בנימין זאב הרצל לישראל והרבה בכתיבה לעיתונים המקומיים כגון הארץ, היום, הבוקר ועוד. בזכות תרומתו לכלל יהודי רומניה הוא נבחר לנשיא הכבוד של התאחדות עולי רומניה בישראל.
מאייר אבנר הלך לעולמו ב-12 לדצמבר 1955 בביתו בגבעתיים בגיל 83 ונקבר בבית הקברות נחלת יצחק בתל אביב.