מאייר אבנר נולד בעיר הבירה של המחוז צרנאוצי שבבוקובינה בתקופת האימפריה האוסטרו-הונגרית, ב-19 לספטמבר 1872, כבן ליעקב אבנר ולמלכה לבית פרנקל. מאייר אח לעוד 7 אחים ואחיות. אביו יעקב אבנר הושפע מרעיונות החסידות וההשכלה. סבו יוסף רובינזון — אבנר, עבד בבית דפוס בצרנאוצי, שם הדפיס ספרים ברוסית ועברית וזכה על עבודתו זאת לקבל מהקיסר פרנץ יוזף אות הצטיינות.
אבנר קיבל חינוך יהודי מסורתי, התעניין בהיסטוריה ופילוסופיה וכנער למד תנ"ך ותלמוד ובמקביל למד בגימנסיה הכללית, שם ספג את יסודות הסאטירה הפוליטית ששימשה אותו יותר מאוחר כנשק אינטלקטואלי לטובת המיעוט היהודי. מאייר אבנר למד משפטים באוניברסיטת פרנץ יוזף בעיר הולדתו. בנסיבות שבהן הקהילה הגרמנית, לרבות זו הליברלית, בבוקובינה, כמו זו באוסטריה, הדגישה את הריחוק ולעתים קרובות את הסלידה מהשכנים היהודים והקימה אגודות סטודנטים גרמניות בצרנאוצי, אבנר הצעיר, מאוכזב, חש שאידיאל ההטמעה בעם האוסטרי ובתרבותה הגרמנית, כפי שדגל בו במיוחד האיחוד הישראלי האוסטרי כמעט בלתי אפשרי להשגה וכי יש צורך שהיהודים התארגנו לפוליטיקה בצורה שתמקד את זהותם הלאומית היהודית.
לאחר שבשנת 1890 פרסם מאמר נגד ההתבוללות ב-14 ביולי 1891 מאייר אבנר יסד, בהשראת אגודת "קדימה" הווינאית, אגודה של הסטודנטים הציונים הלאומיים ב צרנאוצי תחת השם "חשמוניאה" (Hasmonea) ביחד עם חבריו יצחק שמירר, יוסף בירר, שלמה קאסנר ופיליפ מנצל. באותה שנה, מאייר אבנר זעם מול המעשה של יהודי שהעדיף להירשם לאודת הסטודנטים הלאומיים הגרמניים "אלמניה", האשים אותו בחוסר נאמנות ובין השניים התארגן, דו קרב. שני היריבים בדו קרב נותרו בחיים, אבנר היה הפצוע ונאלץ לעשות שלום עם יריבו בסופו של דבר.
האגודה "חשמוניאה" התמקדה במאבק נגד ההתבוללות, חיזוק ההכרה הלאומית היהודית וניהלה מלחמות נגד אגודות הסטודנטים האנטישמיות. את החוברת הראשונה שלהם בשם "נגד ההתבוללות היהודית" פתח מאמר של מאייר אבנר נגד הטמעות היהודים בתרבות הגרמנית ששלטה בבוקובינה. מאייר אבנר יו"ר "חשמוניאה" התמקד בפעילות המדינית והשתתף בקונגרס הציוני הראשון בבזל 1897. מאייר אבנר נשא שם נאום שהתמקד במצב יהודי בוקובינה.
מאייר אבנר צידד במדיניות ריאלית שתקדם את האינטרסים היהודיים החיוניים הן בפרלמנט הקיסרי האבסבורגי והן בפרלמנטים של כל חבלי רומניה הגדולה ובכל מוסדות הייצוג האחרים. משנת 1900 הקדיש מאייר אבנר את עיקר פעילותו וכתיבתו לביסוס "המדיניות הריאלית" שלו ולהנחת יסודות למדיניות הלאומית הציונית, ולכן נעדר מהקונגרסים הרביעי החמישי והששי, אך השתתף בכל שאר הקונגרסים עד סוף חייו.
את אדלה לבית טרייסטרו נשא מאייר אבנר לאישה בשנת 1899. נולדו להם שתי בנות ובן. בת ראשונה אלמה אבנר- מנצר נספתה בטרנסניסטריה עם בעלה ארווין ובנם אריאל. הבת השניה נטלי אבנר- קרמניצר עלתה לישראל בשנת 1950 עם בעלה עו"ד ד"ר לוציוס קרמניצר בלי ילדים. הבן ד"ר לרפואה לימים יוסף אבנר עלה לפלסטינה תחת מנדט בריטי בשנת 1934, נשא לאשה את ברונקה לבית אייזנברג ונולדה להם בת.
עד כאן חלק הראשון בתולדות מאייר אבנר.