למאייר אבנר היתה התגלות כאשר קרה את ספרו של תיאודור הרצל, "המדינה היהודית", והפך לציוני. בשנת 1897, בגיל 25, הוא השתתף בקונגרס הקמת הארגון הציוני, שהתרחש בבזל. התנגד לרעיון המאבק המעמדי הנתמך ע"י הסוציאליסטים בקונגרס הציוני, חתם מאייר אבנר, יחד עם צירים אחרים, על מניפסט ראשון לטובת הפעולה למשוך את השכבה העובדת של היהודים אל הציונות.
אבנר התמסר לא רק להגנה על שוויון הזכויות האישי והאזרחי של היהודים כפרטים, כי אם נתן דעתו לזכויותיהם בתור מיעוט לאומי וטען כי עליהם לנהל "מדיניות יהודית" גם בתפוצות, במקביל לפעילותם למען בניין ארץ ישראל. הוא דבק באמונתו זו במשך ארבעים שנות פעילותו הציונית בגולה ולמעשה עיצב את אופייה של הפעילות המדינית שניהלה הנהגת ציוני בוקובינה. ברוח זאת מאייר אבנר השתתף בהקמת המפלגה הלאומית היהודית בהנהגתו של ד"ר בנו שטראוכר.
בשנת 1910 כאשר היה סגן נשיא הסתדרות הציונית בבוקובינה, בהנהגתו של פרופ ליאון קלנר אחד מעוזריו הקרובים של הרצל בראשית ימי ההסתדרות הציונית העולמית, עזב מאייר אבנר את מפלגתו של שטראוכר והקים את התנועה המתחרה "מועצת העם היהודי" וכנציגה נבחר כחבר במועצה העירונית של העיר צ'רנאוצי.
בתקופת מלחמת העולם הראשונה גויסו מירב פעילי התנועה הציונית לצבא הקיסרי וחלקם אף נהרגו בקרבות. מאייר אבנר ופיליפ מנצ'ל הוגלו בשנת 1915 יחד עם הכיבוש הרוסי לסיביר בהיותם שני הפעילים הציונים הראשיים, וזאת בעקבות המדיניות האנטישמית המוצהרת של הממשלה הצארית הרוסית. השניים שוחררו רק בשנת 1917. הצהרת בלפור ב-2 לנובמבר 1917 למען הקמת "בית יהודי לעם היהודי בארץ ישראל" עוררה מחדש את התקוות בקרב התנועה הציונית העולמית ועם חזרתו של השלטון ההבסבורגי במרץ 1918 חודשה הפעילות הציונית בבוקובינה בהנהגת אבנר. "המועצה הלאומית היהודית" חזרה לפעילות באותה עת שסופחה בוקובינה לרומניה. בתחילה הצטרף לפעילותם גם בנו שטראוכר יריבו האידאולוגי של אבנר אך במהרה נפרדו דרכיהם סופית. בפועל הורכבו מוסדות המועצה בראשות אבנר מנהיג הציונים, ופיסטינר מנהיג הסוציאליסטים היהודים רק בנובמבר 1918 יום אחד בלבד לפני כניסת הצבא הרומני לצ'רנאוצי.
עד דצמבר 1919 בשנת הפעילות היחידה של המועצה, עד שפורקה ע"י השלטונות הרומנים, הדגישה המועצה בפני הממשל הרומני שהיא דורשת שיובטח ליהודי בוקובינה וליהודי שאר חבלי השטחים שסופחו לרומניה שוויון זכויות פוליטי ואזרחי למיעוט היהודי.
באפריל 1919 החל מאייר אבנר להוציא לאור את העיתון הציוני בשפה הגרמנית עיתון יהדות מזרח אירופה ( Ostjudische Zeitung) וכעורך העיתון הוא ייצג במאמריו באמצעות שופר זה את עמדתו הלוחמנית כנגד האנטישמיות, בעד זכויות למיעוט היהודי, הכרה בחזון הציוני והכרה בלאום היהודי. העיתון נסגר בדצמבר 1937 בצו הממשלה הרומנית האנטישמית של גוגה- קוזה.
מאייר אבנר נבחר ליו"ר ההסתדרות הציונית בבוקובינה בוועידה הציונית המחוזית הראשונה לאחר מלחמת העולם הראשונה באוקטובר 1919. המועצה הלאומית היהודית בראשות מאייר אבנר פעלה אצל השלטונות הרומניים למניעת פרעות, להתרת שיבת פליטים והשתתפה בוועדות שנועדו להכין את חוקי היסוד למיזוג בוקובינה עם רומניה. כמו כן השתתפה המועצה בוועדות לצורך הכנת חוק הבחירות שהתקיימו באוקטובר 1919 אבל בסופו של דבר המועצה החליטה להחרים את הבחירות של הממשל הרומני החדש.
עד כאן הפרק השני בתולדות מאייר אבנר.